Final Fantasy: The Spirits Within (2001) mengambil latar pada tahun 2065, saat Bumi hampir hancur akibat invasi makhluk alien yang dikenal sebagai Phantoms. Alien ini bukan hanya menghancurkan lingkungan tetapi juga menyerap jiwa manusia, membuat umat manusia berada di ambang kepunahan. Dr. Aki Ross, seorang ilmuwan yang terinfeksi oleh energi alien, percaya bahwa Bumi dapat diselamatkan tanpa menggunakan kekerasan. Bersama mentornya, Dr. Sid, mereka memulai misi untuk mengumpulkan delapan roh murni, elemen kehidupan yang diyakini dapat mengusir Phantoms secara spiritual tanpa menghancurkan planet.

Di sisi lain, Jenderal Hein, seorang pemimpin militer yang radikal, memiliki pendekatan berbeda. Dia ingin menggunakan senjata orbital yang disebut Zeus Cannon untuk menghancurkan sumber energi alien, meskipun risikonya dapat merusak Bumi secara permanen. Ketegangan meningkat ketika Aki dan timnya harus berpacu melawan waktu, mencari roh murni terakhir sebelum Hein melancarkan serangannya. Dalam prosesnya, konflik antara pendekatan ilmiah dan spiritual Aki serta metode militer Hein menjadi tema utama.

Film ini memuncak dengan Aki dan timnya menemukan roh murni terakhir di medan perang yang berbahaya, tetapi mereka menghadapi pengorbanan besar. Dengan menyatukan roh murni, Aki dan Dr. Sid berhasil menetralkan energi alien, memulihkan keseimbangan planet, dan mengungkap hubungan mendalam antara kehidupan di Bumi dan semesta. Meski misinya berhasil, film ini meninggalkan pesan tentang pentingnya harmoni antara manusia, alam, dan spiritualitas.