Apocalypto mengisahkan kehidupan Jaguar Paw, seorang pria muda dari suku kecil di hutan belantara pada masa akhir peradaban Maya. Hidupnya yang damai berubah drastis ketika desanya diserang oleh suku besar yang mencari korban untuk dijadikan tumbal dalam upacara keagamaan mereka. Jaguar Paw ditangkap bersama anggota sukunya, sementara istri dan anaknya berhasil disembunyikan di gua sebelum serangan terjadi. Ia bersumpah untuk kembali dan menyelamatkan keluarganya, meski menghadapi rintangan berat.

Dalam perjalanan menuju kota besar suku Maya, Jaguar Paw menyaksikan kemegahan sekaligus kehancuran peradaban tersebut. Kekejaman, wabah penyakit, dan kerakusan penguasa menjadi tanda-tanda kemunduran yang semakin jelas. Di tengah upacara pengorbanan, Jaguar Paw berhasil melarikan diri dari cengkeraman para penangkapnya. Ia memulai perjalanan penuh bahaya, melintasi hutan lebat, menghindari para pemburu, dan berjuang melawan alam untuk menyelamatkan nyawanya dan keluarganya.

Melalui kisah ini, Apocalypto menggambarkan ketegangan antara keberanian individu dan kekejaman peradaban. Dengan visual yang menggugah dan narasi mendalam, film ini tidak hanya menghadirkan aksi yang mendebarkan tetapi juga refleksi tentang kehancuran akibat keserakahan manusia. Penonton diajak menyaksikan perjuangan hidup dan harapan yang tetap menyala di tengah ancaman kehancuran total.